Из Московского городского суда в прокуратуру дело об убийстве Пола Хлебникова вернулось уже в ходе повторного процесса. После первого рассмотрения все трое подсудимых - Казбек Дукузов, Муса Вахаев и Фаиль Садретдинов - были оправданы на основании вердикта присяжных. Однако долго оправдательный приговор не продержался: Верховный суд отменил его по протесту Генеральной прокуратуры. К моменту нового рассмотрения дела оказалось, что прокуратура не может найти одного из обвиняемых, Казбека Дукузова. Суд объявил его в розыск, приостановил слушания, а дело вернул в прокуратуру.

«Судебное решение, единственное, с чем мы можем согласиться, оно в принципе принято верно, поскольку в той ситуации, в которой дело находится, оно не может быть рассмотрено по существу Московским городским судом. Мы считаем, что позиция у Генеральной прокуратуры, а в дальнейшем и у Следственного комитета совершенно противоречивая. С одной стороны, мы, как обычно бывает, слушаем постоянно заявления и от следователей, которые вели это дело, и от руководителей, и от самого Бастрыкина о том, что после раскрытия очередных преступлений они считают, что по этому делу имеются иные лица, которые должны быть привлечены к уголовной ответственности. Поэтому в этом же виде дело не может быть вновь передано для рассмотрения в суд. По любому должны быть или проверены доводы, или опровергнуты. То есть мы считаем, что в том виде, в котором оно рассматривалось, оно, безусловно, не может быть заново рассмотрено», - говорит адвокат Фаиля Садретдинова Руслан Коблев.

По мнению Коблева, упорство Генеральной прокуратуры, добивающейся возвращения дела для рассмотрения в суд, объясняется нежеланием «признать те ошибки, которые суд установил и установили присяжные заседатели, вплоть до фальсификации».

С тех пор, как дело ушло из суда, прокуратура, по мнению Руслана Коблева, не предпринимала достаточных усилий для того, чтобы подготовить материалы к новому судебному разбирательству: «Не только не принимала никаких мер, а всячески занималась препирательством и с судом, и со Следственным комитетом, и Следственный комитет в свою очередь… То есть не могли даже определить, где находится уголовное дело. Мы, как защитники, даже не уведомлялись о том, получил ли следователь это уголовное дело, принимает ли он его к производству. Мы направили запрос и в Генеральную прокуратуру, и в созданный к тому времени уже Следственный комитет при Генеральной прокуратуре. И в одном, и другом случае получали отписки о том, что такого дела у них в производстве нет. То есть просто дело это неудобно никому, и каждая инстанция считает своим долгом отправить его в другую… такой пинг-понг между судом, прокуратурой и Следственным комитетом».

Когда власти США предложили России помощь в расследовании одного из самых громких заказных убийств американского гражданина (специальную резолюцию об этом принял сенат), генпрокурор Юрий Чайка заявил, что у российской прокуратуры достаточно сил для того, чтобы самостоятельно довести дело Хлебникова до конца.

В прокуратуре заказчиком убийства Пола Хлебникова считают чеченского полевого командира Хож-Ахмед Нухаева, которому якобы не понравилось то, как Хлебников написал о нем в своей книге «Разговор с варваром или Исповедь чеченского бандита». Нухаев объявлен в розыск, несмотря на то, что в 2004 году интернет-издания пестрели сообщениями о его возможной гибели в горах Чечни, и с тех пор новая информация о полевом командире не появлялась.